- 研究中心
- 人文研究中心
- 跨領域及數據科學研究中心
- 工程技術研究推展中心
- 管理學術研究中心
- 逸仙社會科學研究中心
- 海洋前瞻科技推展中心
- 南區促進產業發展研究中心
- 海洋科技研究中心
- 水資源研究中心
- 頂新人文藝術中心
- 海洋政策研究中心
- 奈米科技研發中心
- 創意與創新研發中心
- 新興污染物研究中心
- 雲端運算研究中心
- 資訊安全研究中心
- 無線寬頻通信協定跨校研究中心
- 數位內容及多媒體技術研究中心
- 南台灣跨領域科技創新中心
- 國立中山大學暨日月光聯合技術研究中心
- 國立中山大學人工智慧研究暨產業推廣中心
- 南島民族社會文化發展中心
- 國立中山大學中文系客家研究中心
- 智慧操控水下載具平台技術研發學研中心
- 智慧電子商務研究中心
- 毒藥物暨生醫快篩科技研究中心
- 國立中山大學代謝異常脂肪肝卓越研究中心
- 日本研究中心
- 民意與市場調查研究中心
- 李登輝政府研究中心
- 氣膠科學研究中心
- 臺港國際研究中心
- 功能性高分子暨超分子材料研究中心
